污水处理菌株利用水中的溶解氧(DO)将有机污染物分解为水和二氧化碳，或者转化为污水处理微生物的营养的东西，并利用这些营养的东西进行繁殖，同时能降解污染物，达到去污除臭的目的。这种处理方法称为好氧处理，应用最广泛的是活性污泥法。

  2.厌氧废水净化处理微生物在没有溶解氧的情况下(利用硝酸盐中的氧气)还原硝酸盐，进行反硝化反应产生氮气。这种方法大范围的应用于废水净化处理。产酸菌(一般厌氧微生物)在绝对厌氧微生物废污水处理过程的早期酸化反应中经常使用。

  3.厌氧生物处理是产酸细菌的酸化反应，将污水中的糖类或蛋白质分解为单糖、氨基酸或低级脂肪酸(有机酸)。产乙酸菌(绝对厌氧微生物)用于将污水中的单糖、氨基酸或有机酸分解为乙酸。最后，产甲烷细菌(绝对厌氧微生物)分解乙酸产生甲烷。

  4.大多数污水处理微生物以污染物为食，如碳水化合物、蛋白质和脂肪，它们能被各种污水处理微生物分解，成为自身生长和繁殖的营养的东西。但利用光合细菌和芽孢杆菌，可以将恶臭气体硫化氢转化为自身生长所需的硫元素，进而达到除臭的目的。

  5.微生物污水处理菌株具有多糖粘性物质，可以吸附环境中的污染物，这一特性常被应用于重金属离子的吸附。

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